Роберт Холдейн родился в 1764 году в богатой семье, владевшей частью местности под названием Глениглз, в Шотландии. Отец и дядя Роберта были известными моряками, и ожидалось, что Роберт и его брат посвятят, по крайней мере, часть своей жизни на служение Отчизне. Оба его родителя умерли, когда он был еще ребенком, но доброе влияние его матери и молитвы перед сном принесли огромную духовную пользу. Окончив среднюю школу в Эдинбурге, Роберт, как должно, поступил на службу в военно-морские силы Великобритании в 1780 году, где он служил артиллеристским офицером.

Бог, однако, имел план в отношении Роберта и его брата Джеймса. До того как поступить во флот, они познакомились с Дэвидом Боугом, пастором независимой церкви в Гемпшире (Англия). Он вдохновил молодых людей, которые чувствовали внутренний призыв к миссионерскому служению за границей, и, несомненно, оказал некоторое влияние на братьев. Также планы Роберта изменились в связи с окончанием войны: он оставил флот и вместо этого занял положение сельского землевладельца и джентльмена.

Приблизительно в это время, в 1786 году он женился. Он стал специалистом по пересадке взрослых деревьев, дела его пошли в гору, но, несмотря на все его богатство и положение в обществе, он испытывал огромную неудовлетворенность. У одного из своих работников Роберт поинтересовался, в чем секрет его внутреннего мира, и узнал, что этот мир был результатом оправдания верой, которой тот располагал. Роберт пришел к тому, что увидел себя грешником, нуждавшимся в Божьей спасительной благодати. Вскоре он пересмотрел свою жизнь и посвятил себя, свои деньги и таланты на дело распространения Евангелия.