Віктор Франкль народився у Відні, у родині єврейського походження. З 1923 року вчився у Віденському університеті (спеціалізація — неврологія та психіатрія, напрямок — депресія і суїцид).

У 1933–1937 очолював так званий «павільон самогубців» (нім. Selbstmorderpavillon) у головній Віденській лікарні. Після анексії Австрії нацистською Німеччиною у 1938 втратив право лікувати «арійських» хворих і мав перейти до Шпиталю Ротшильда (нім. Rothschild-Spital), єдиної віденської лікарні, де все ще лікували паціентів єврейського походження. Там він працював за фахом і навіть проводив операції на мозку. Його медичні рекомендації дозволили врятувати кількох людей від нацистської програми евтаназії хворих.

25 вересня 1942, він з дружиною та батьками був депортований до концтабору Терезіенштадт. Якийсь час йому дозволялося працювати за фахом. Але 19 жовтня 1944 він був відправлений до Аушвіцу. Його батьків було знищено у Аушвіці, дружина померла у таборі Берґен-Бельзен. Він дізнається про це лише після визволення.

Йому пощастило уникнути газових камер, але на тих, хто вижив, чекали нелюдські умови життя: голод, приниження, важка фізична робота за умов відсутності нормального одягу та харчування тощо. Крім того, людей тримали у постійному страху і стресі. За таких умов, чимало людей здавалося і вмирало. Ті, хто вижив, проходили три стадії психологічної «адаптації». Перейшовши через усе це, спостерігаючи за собою і товаришами, Франкль виробив власну теорію сенсу життя, логотерапію.

Пізніше, він опише цей досвід у книзі «Людина у пошуках сенсу» (нім. Ein Psycholog erlebt das Konzentrationslager, у англійському перекладі — англ. Man's Search for Meaning: An Introduction to Logotherapy).

З Аушвіца його перевели до Дахау, де йому вдалося вижити і дочекатися 27 квітня 1945, коли табір було звільнено американцями. По війні, він протягом 25 років він очолював неврологічну поліклініку у Відні.

У 1948, він захистив докторську дисертацію з філософії на тему: «Підсвідомий Бог». У 1955 став професором Віденського університету.

У 1970, у Сан-Дієго (Каліфорнія) відкрився перший у світі інститут логотерапії. Сьогодні логотерапевтичні товариства є у багатьох країнах світу. Його книги перекладено на 32 мови світу.